Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
mengklaim telah mengurutkan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing
(WGS) dari dua sampel virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari
Indonesia.
Kepala Laboratorium Biosafety Level-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI,
Ratih Asmana Ningrum, menyatakan, pihaknya menggunakan teknologi Oxford
Nanopore untuk melakukan sekuens genom sampel virus itu.
"Kami menggunakan platform oxford nanopore technology.
Untuk data virus SARS CoV-2 asal Indonesia, kami yang pertama menggunakan
teknologi ini di Indonesia," ujar Ratih
Minggu (30/8).
Ratna menuturkan Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala
nano. Perangkat itu melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur
perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut.
Informasi tentang perubahan arus, kata Ratih, kemudian dapat digunakan untuk
mengidentifikasi molekul.
"Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus
saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda,"
ujarnya.
Ratih berkata pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa
dalam suatu sekuens. Namun, dia tetap menegaskan diperlukan pengolahan data
secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu
organisme.
Ratih menambahkan teknologi Oxford Nanopore memiliki banyak keunggulan,
antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel
dan berukuran mini, serta harga instrumen rendah. Meski begitu dia menyebut
penggunaan platform itu masih sangat terbatas.
"Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia
yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut," ujar Ratih.
Terkait masalah itu, LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk
membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga
Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan
pada masa pandemi ini.
Sebelumnya LIPI berhasil mengurutkan sekuens genom utuh dua sampel virus
SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia. Hasil sekuens itu telah diunggah
ke Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), lembaga bank data
yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus SARS-CoV-2, pada Selasa
(25/8).
Peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Anggia Prasetyoputri mengatakan,
SARS-CoV-2 merupakan virus yang memiliki materi genetik. Sehingga virus itu
memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan
cepat.
Selain LIPI, LBM Eijkman dan Universitas AIrlangga juga telah berhasil
mengurutkan sekuens genom utuh sampel virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari
Indonesia. Mereka juga sudah mengirim hasilnya ke GISAID.
Komentar
Posting Komentar